康熙三十七年，赵于京升任陕西临潼知县，政绩斐然。先是，缮修文庙，并重建“横渠书院”，再作《请罢开矿议》，为民分忧。乾隆四十年，“九月，修县志。谘采访者与张潜谷、申鹏翔诸友共订。至于循良人物皆据事直书，自成一手。而河田驿路之累民、累官，可变可守。当为后鉴者杂错见之，垂法将来。”也就是说，赵于京在任上和弟弟赵于蕃等人编纂了《临潼县志》八卷。临潼为陕西名县，虽然明嘉靖、万历间，清顺治间皆有县志，但“均简略未备”。只有赵于京的《临潼县志》分为十三门，书后附《华清志》，且有关题咏华清宫诗文，基本尽收无遗，是其中***完备的一部，可称奇功。

康熙四十一年，升绥德州知州，临潼士民泣涕争送，建祠祭祀之。康熙四十二年，清圣祖西巡，在华阴召见赵于京，“见公须貌伟状，器宇不凡，乃置别官独与公语。遂问家世、田产、山东俭岁田产情形，商评天下风俗人物，官政得失，且命讲《易》、赋诗”。按照要求，赵于京次日晋呈七言诗一首，康熙帝十分嘉许他，遂赐御书，说“这是奖励你的意，回去好做官”。不久，康熙来到洛阳，看到民生凋敝，于是马上想起了赵于京，故而颁布旨意说，赵于京“应对明白，居官甚好，著补授河南府知府，作速赴任”。于是赵于京就被提升为了河南府知府。

他在洛阳重修文庙，建立“天中书院”，修筑洛阳城楼，人称“赵公楼”。又整修司马光的“独乐园”和白居易墓，并分别为之题写碑刻。康熙四十六年，改任苏州府知府，五月未就任而卒，归葬于济南五顶茂陵山下。在济南名士戴璠，朱缃的弟弟朱绛、朱纲等人的建议下，赵于京得以入祀济南的“乡贤祠”。其著作主要有《客亭诗集》和《诏对恭纪》一卷。当时王苹正在京师等待接授官职，他作诗怀念赵于京说，两人相交三十年，“碣石朔风哀，嗟我同门友”，如今人去楼空，实在是“悲哉河南守”。